預繳稅款的城建稅稅率不一樣有的5%、有的7%，這樣的話我申報的增值稅如果是10000，公司的城建稅是7%……

這看你是在哪地區，項目地如果是5%就按5%處理 回機構地就是按你當地的處理

城建稅機構所在是7%，預繳的異地項目是5%，在填表申報的時候我該怎么填呢？如果預繳完稅憑證（增值稅10000×5%＝500）抵扣后的增值稅20000，入果按這個金額填報那按機構所在地的7%應交城建稅700，相比預繳是不是意味著多交

這個不影響你預交的時候正常按照5%交就可以了，你回機構地的話，在你當地你就按照7%去申報就可以了。

回機構地只是按照你回機構地最后應該交的增值稅來作為計稅依據，按照78%。