也有想過整合成一套賬，但是他們好多成本費用都沒有票，包括商鋪也是老板買的，房貸也不合規，所以如果硬合成一套賬，可能很多成本費用都無法稅前扣除，可能就會要交稅，診所其實一個月也就一萬左右利潤，再交稅肯定也不現實

確實，如果沒有合規的發票和證明文件，很多成本和費用在稅務上無法扣除，這可能導致稅負增加。在這種情況下，可以考慮優化財務管理和成本控制。比如，盡量確保所有的交易都有合法的發票和證明，以便合法合規地報稅。同時，也可以通過合理的財務規劃和成本管理，盡可能地減少不必要的開支，提高診所的財務健康度。

這個有點難啊，靠我一個人恐怕真搞不定，比如老板買的商鋪如果要合法就要簽租賃合同，需要老板去代開發票，代開發票的同時就需要交很多稅

確實，這樣的情況需要老板的配合和全面的財務策略調整。你可以向老板說明合規經營的重要性及其長遠利益，如避免稅務風險和可能的法律問題。同時，可以建議老板咨詢專業的財務顧問，共同制定一個合理的財務和稅務規劃方案，逐步向合規管理過渡。這不僅有助于保護診所的合法權益，還能提升診所的市場信譽和長期發展。

這恐怕也就是說說，老板沒有那么大的格局

理解你的處境。在這種情況下，你可以盡你所能維持賬目的清晰和盡可能的合規，同時記錄下所有的財務操作和決策過程，以備不時之需。同時，盡量在日常工作中提高財務透明度和規范性，這樣至少可以為診所的運營提供一定程度的保護和穩定性。

中小企業那么多，金四來了真的都能規范的做一套賬嗎？