D公司在貨幣資金內部控制的設計與運行方面存在以下主要缺陷： 1.職責分離不足：雖然會計和出納分設，但出納負責登記三大期間費用賬戶，這違反了不相容職務分離的原則。出納與費用賬戶的記錄應分別由不同的人員負責，以確保記錄的準確性和可靠性。 2.發票管理不規范：收款時直接為銷售部門開具銷售發票，可能導致發票管理和銷售收入確認存在風險。同時，辦理付款手續時直接根據采購人員提供的發票辦理支付，沒有經過嚴格的審核和批準程序，增加了付款錯誤和舞弊的風險。 3.審批流程缺失：大量發票單據未經過有權批準人員批準就進行賬務處理，這違反了授權審批控制的原則。所有貨幣資金支付業務都應經過嚴格的審批流程，確保支付的合法性和合規性。 4.現金管理不嚴謹：期末結賬后經常發現現金短款，說明公司對現金的日常管理和盤點制度執行不嚴格。這可能導致現金的流失和財務風險。 改進建議： 1.加強職責分離：明確會計和出納的職責范圍，確保出納不參與費用賬戶的登記工作。建立嚴格的崗位責任制，確保不相容職務相互分離。 2.規范發票管理：建立嚴格的發票管理制度，確保發票的開具、保管、使用和注銷都有明確的規定和流程。對于銷售發票和采購發票，應設立專門的崗位負責審核和登記。 3.完善審批流程：建立嚴格的貨幣資金支付審批流程，確保每一筆支付都經過有權批準人員的審批。對于大額支付或異常支付，應設立更高級別的審批機制。 4.加強現金管理：建立嚴格的現金管理制度，包括現金的保管、使用、盤點和核對等。定期進行現金盤點，確保現金的賬實相符。對于現金短款等問題，應及時查明原因并采取相應的措施。 5.提高員工素質和意識：加強員工的內部控制意識和職業道德教育，提高員工對內部控制重要性的認識。同時，定期進行內部控制培訓，提高員工的專業素質和技能水平。